Il vicariato apostolico delle Isole Comore (in latino: Vicariatus Apostolicus Insularum Comorensium) è una sede della Chiesa cattolica immediatamente soggetta alla Santa Sede. Nel 2022 contava 6.546 battezzati su 1.145.209 abitanti. È retto dal vescovo Charles Mahuza Yava, S.D.S.
Il vicariato apostolico si estende sulle isole dello stato di Comore (Grande Comore, Anjouan, Mohéli) e sull'isola di Mayotte, dipendente dalla Francia.
Il territorio è suddiviso in 5 parrocchie, fra cui la parrocchia di Santa Teresa del Bambin Gesù sull'isola di Grande Comore e la parrocchia Nostra Signora di Fatima su Mayotte.
I cattolici sono tutti stranieri, perché tutti gli abitanti delle Isole Comore sono musulmani. Nelle Isole Comore sono residenti circa 500 stranieri cattolici, mentre a Mayotte i cattolici sono circa 2000, di cui 500 creoli provenienti dall'isola di Riunione e dal Madagascar.
L'amministrazione apostolica delle Isole Comore fu eretta il 5 giugno 1975 con il decreto Quo aptius della Congregazione per l'Evangelizzazione dei Popoli, ricavandone il territorio dalla diocesi di Ambanja.
Il 1º maggio 2010 l'amministrazione apostolica è stata elevata a vicariato apostolico con la bolla Divini Salvatoris di papa Benedetto XVI.
L'evangelizzazione nelle Comore è stata compiuta in passato dai Cappuccini; diminuendo il numero del personale, dal 1998 la missione è affidata ai missionari Salvatoriani.
Si omettono i periodi di sede vacante non superiori ai 2 anni o non storicamente accertati.
Il vicariato apostolico nel 2022 su una popolazione di 1.145.209 persone contava 6.546 battezzati, corrispondenti allo 0,6% del totale.