Il Trofeo Eccellenza 2012-13 fu la 3ª edizione del torneo sostitutivo della Coppa Italia di rugby a 15 e la 25ª edizione assoluta.
Organizzato dalla Federazione Italiana Rugby, si svolse dal 14 ottobre 2012 al 17 marzo 2013.
Alla competizione presero parte gli otto club dell'Eccellenza che non parteciparono all'European Challenge Cup, divisi in due gironi all'italiana da quattro squadre ciascuno su base territoriale. Le prime classificate di ogni girone, affrontatesi in partite d'andata e ritorno, disputarono la finale in gara unica che, nell'occasione, si tenne allo stadio Luigi Zaffanella di Viadana. Ad aggiudicarsi il trofeo fu Viadana, la squadra di casa, che si impose sulla S.S. Lazio grazie ad una meta di Padró nei minuti finali di gara.