Luthor da tempo acerrimo nemico di Superman guarda vari filmati che mostrano l'eroe a salvare tanti e riconosce come Superman sia un Dio tra gli uomini e che non ha mai chiesto agli uomini di sottomettersi e che è stato amato da tanti mentre lui pur avendo soldi e potere non ha lo stesso amore che la sua nemesi ha e per tale motivo essendo roso dall'invidia poiché non potrà mai avere ciò che Superman ha ritiene che prima o poi giungerà anche il momento del suo nemico pur essendo un Dio di morire. Clark viene inviato come corrispondente estero per il Daily Planet in Afghanistan mentre gli uomini della Lex Corp stanno effettuando delle ricerche su fonti di energia alternative sottoterra. Durante queste rivengono quella che sembra una navicella spaziale, dalla quale fuoriesce una feroce creatura che comincia a seminare il panico; Luthor assiste alla scena grazie ai monitor dei suoi sottoposti.
Alla Fortezza della Solitudine, intanto, Superman e Lois Lane, ormai una coppia, hanno un litigio riguardo al fatto che il kryptoniano non le ha ancora rivelato la sua identità terrestre: i due vengono tuttavia interrotti dal robot che gestisce la struttura, che informa Superman dell'arrivo della creatura a Metropolis. L'uomo d'acciaio e la compagna arrivano in volo alla città e Kal-El comincia subito a combattere con l'alieno; questi si rivela tuttavia dotato di capacità talmente straordinarie da mettere in seria difficoltà l'ultimo figlio di Krypton.
Lo scontro prosegue in un crescendo di brutalità finché Superman, per salvare una bambina dall'attacco del mostro, lo afferra saldamente, vola fuori dalla Terra per poi precipitarsi a folle velocità al suolo: l'impatto uccide la bestia ma costa la vita anche al paladino di Metropolis, che muore tra le braccia di Lois. Tutta la città partecipa afflitta al funerale dell'uomo dell'acciaio, compresa sua madre Martha che viene notata dalla reporter.
Con la scomparsa di Superman il tasso di criminalità lievita a livelli indicibili e Jimmy, il fido fotografo di Lois, decide di cominciare a lavorare per un giornale scandalistico. Lois, invece, cerca conforto in Martha, rivelandole di sapere la verità e stringendo con lei un rapporto di affetto. Lex, intanto, elimina le prove del fatto che sia stata la sua azienda a risvegliare la creatura e partecipa a numerose attività di filantropia per passare ancora più inosservato. Luthor inoltre è frustrato dal fatto che seppur odiasse Superman non aveva mai voluto che morisse per mano di quel mostro alieno in quanto avrebbe preferito ucciderlo lui stesso con le sue mani con una strategia vincente non per puro caso venendo così defraudato della sua possibilità di sconfiggere il suo acerrimo nemico.
Qualche tempo dopo la morte dell'uomo d'acciaio, il Giocattolaio prende in ostaggio una scolaresca: Lois, precipitatasi sul luogo, riesce a salvare la maggior parte dei bambini ma viene scoperta dal criminale; a questo punto, tuttavia, interviene proprio Superman. Questi fa arrestare il Giocattolaio e riaccompagna a casa Lois, che si accorge subito che qualcosa in lui non va, anche perché Clark è ancora assente.
Superman si rivela in realtà essere un clone dell'originale creato e manipolato da Luthor, dotato delle sole informazioni fornitegli da questi, per i suoi loschi fini; grazie al duplicato del kryptoniano, il magnate ha inoltre trafugato il corpo del vero uomo d'acciaio, che conserva in una teca in quanto sentendosi solo senza il suo nemico con cui misurarsi preferisce tenerlo lì con sé per saperlo sempre al suo fianco. Lois esterna quindi i suoi dubbi sulla reale identità dell'uomo col mantello mentre il vero Superman viene trasportato alla fortezza della solitudine da un robot suo servitore il quale, resosi conto che il kryptoniano era ancora vivo, lo ha sottoposto a cure.
La situazione precipita quando il Giocattolaio, riuscito ad evadere, uccide una bambina; il clone di Superman, dotato del suo stesso senso di giustizia ma privo dei suoi limiti morali, lo prende dalle mani della polizia e lo uccide facendolo precipitare da diversi metri. Alla Fortezza, intanto, il robot spiega a Superman che dopo lo scontro con la creatura i suoi parametri biologici si sono abbassati per permettere la sua ripresa e che lo ha trovato mentre Luthor trafugava il suo corpo assieme al suo clone.
Questi viene visto con sempre più timore dalla città e per di più riesce a liberarsi dal dominio di Luthor eliminando dal suo cervello la piccola sfera di piombo nella quale era contenuta una pallottola di kryptonite azionabile a comando. Lois intanto avvicina il magnate e, dopo averlo addormentato, scopre la verità sulla Lex Corp grazie a Jimmy: Luthor ha infatti realizzato un intero laboratorio dove ha creato il suo esercito di Superman in vitro.
Luthor tuttavia si riprende e si appresta ad uccidere entrambi; in quel momento interviene tuttavia il clone originale, che arriva ad un passo dall'uccidere il suo creatore. Il vero Superman, recuperato il settanta percento della sua forza e armato di una pistola con una carica alla kryptonite, ritorna a Metropolis e sconfigge, al termine di uno scontro violentissimo e anche grazie a Lois, il suo duplicato. Clark le rivela quindi la verità mentre Lex, dal suo letto di cura, felice nel sapere che Superman è vivo si prepara ad affrontarlo nuovamente e avere così la possibilità in futuro di ucciderlo lui stesso.