L'organico si compone di due oboi, un fagotto, quattro corni, timpani, clavicembalo e archi.[1] La scelta più significativa è senza dubbio l'uso dei quattro corni, due dei quali intonati in si♭ e due in sol, il che permette al compositore di impiegare questi strumenti in ogni momento, anche modulando da minore a maggiore.[2] Ciò influenzò i compositori contemporanei di tutto il continente, specialmente i maggiori debitori al modello della Sinfonia n. 39.[1]
Sono soprattutto il primo e il quarto movimento, analoghi nello spirito inquieto e drammatico, a fare della sinfonia un moderno capolavoro haydniano,[1][2] aderente alla sensibilità dello Sturm und Drang già diffusa nell'ambiente musicale viennese dell'epoca.[2] I movimenti centrali possiedono invece minor spessore[1] e aspetti stilistici più datati.[2]
L'esposizione del tema principale
La tonalità minore assurge per la prima volta a modalità espressiva autonoma, sfruttata per creare inquietudine e drammaticità, anticipando così la musica dell'Ottocento.[1] Domina chiaramente l'ipnotico[2] tema principale dell'Allegro assai, esposto sottotono e intervallato da pause che ne accentuano il carattere misterioso e trepido,[2] in una tensione che si mantiene inalterata fino al termine del primo tempo.[1]
Influenza
La Sinfonia n. 39 di Haydn ebbe un chiaro influsso sui compositori dell'epoca: in particolare ispirò, tempo dopo, nella stessa tonalità di sol minore, analoghi lavori come la Sinfonia op. 6 n. 6 di J. C. Bach e il capolavoro giovanile della Sinfonia n. 25 K 183 di Mozart.[3] Entrambi replicano la scelta innovativa dei quattro corni in organico.[1]