Ha cominciato a suonare il pianoforte all'età di sei anni e a tredici era in tour con la sorella Martha, la madre Kate, e la zia Anna, con il nome "McGarrigle Sisters and Family" (le sorelle McGarrigle e famiglia).
La sua canzone I'm Running, che cantò per il filmTommy Tricker and the Stamp Traveller, in cui recitava in una piccola parte, è stata nominata per il Genie Awards per la migliore canzone originale facendogli guadagnare anche una nomination per il Juno Award, nel 1990, come vocalist maschile più promettente.
Ha vissuto a Montréal con la madre per la maggior parte dell'infanzia frequentando per un breve periodo la McGill University, dove ha studiato pianoforte classico, pur rimanendo appassionato alla musica rock. Alcune delle sue canzoni mostrano la sua abilità nella lingua francese. Wainwright ha ancora residenza canadese.
Dopo essere diventato famoso nei club di Montréal, Wainwright ha preparato una serie di demo, una delle quali è pervenuta all'executive della DreamWorks Lenny Waronker. La casa discografica lo ha quindi scritturato pubblicando l'album Rufus Wainwright nella primavera del 1998. L'album ha avuto successo di critica in Canada ed è stato riconosciuto dalla rivista Rolling Stone come uno dei migliori album dell'anno. Il secondo album, Poses, ha poi ricevuto un'accoglienza analoga.
Nella colonna sonora del film d'animazione Shrek, realizzato proprio dalla DreamWorks nel 2001, è stata inserita una sua versione della canzone Hallelujah di Leonard Cohen, già cantata da Jeff Buckley e John Cale.
La prima esposizione al pubblico statunitense per Wainwright è arrivata come numero di apertura per i concerti di Tori Amos nel 2001 e 2002. Il successo ottenuto dalla sua performance gli ha consentito di avviare un proprio tour. Contestualmente, ha accompagnato in tournée Sting portando con sé la sorella Martha Wainwright (essa stessa artista emergente) come corista.
Nonostante il suo status di cult e l'ottima critica, finora ha ottenuto un successo commerciale marginale negli Stati Uniti.
Oltre ad essere un pianista, è anche un chitarrista, e spesso usa entrambi gli strumenti nelle esibizioni dal vivo; tuttavia il pianoforte rimane il suo vero talento. Nonostante molte delle sue canzoni più emozionanti hanno Wainwright da solo con il suo pianoforte, molte delle sue canzoni vantano arrangiamenti complessi e armonie con centinaia di parti individuali. Wainwright è un appassionato di opera, e ciò è evidente nelle sue influenze, oltre al suo amore per i Lieder di Schubert; la sua musica è stata chiamata "Popera" o "Baroque pop" (ovvero riconducibile al sottogenere del cosiddetto crossover classico). I suoi testi sono pieni di allusioni all'opera, alla letteratura, alla cultura pop, e, recentemente, alla politica (in canzoni come "Gay Messiah" o "Waiting for a Dream").
Il 16 novembre 2004 è stato pubblicato dalla DreamWorksWant Two, successore dell'album del 2003 Want One (contenente la canzone Natasha, inserita in un episodio della serie televisiva Nip/Tuck). Un DVD intitolato All I Want, contenente un documentario biografico, video musicali, e esibizioni live, è stato pubblicato nel 2005. Il 2005 è degno di menzione anche per due contributi importanti come cantante nell'album degli Antony and the JohnsonsI Am a Bird Now e At This Time di Burt Bacharach.
Il 15 maggio 2007, la casa discografica Geffen ha pubblicato il suo quinto CD: Release the Stars. L'album vanta una prestigiosa collaborazione con Neil Tennant come produttore. Il 4 dicembre 2007 è stato pubblicato il disco Rufus Does Judy at Carnegie Hall e il DVD Rufus! Rufus! Rufus! Does Judy! Judy! Judy! Live At The London Palladium.
Nell'agosto 2012 sposa a New York il compagno e artista Jörn Weisbrodt. La coppia ha una figlia, Viva Katherine Wainwright Cohen, nata il 2 febbraio 2011, che Rufus ha avuto assieme all'amica d'infanzia Lorca Cohen, figlia di Leonard Cohen.[2]
Al matrimonio di Rufus e Jörn hanno preso parte come invitati, tra gli altri, gli amici Alan Cumming, Julianne Moore, Yōko Ono, Sean Lennon, Antony Hegarty, Lou Reed e Carrie Fisher.
Temi
La musica di Wainwright contiene diversi temi ricorrenti, da storie personali sull'essere gay e single (Oh What a World) a dichiarazioni sulla decadenza della California (California). Inoltre parla di New York in molte canzoni. Uno dei temi principali, infine, è l'edonismo; ad esempio, nella canzone Cigarettes and Chocolate Milk.
