Rubén Fernández passa professionista nel 2013 con la Caja Rural vincendo (con la maglia della selezione spagnola) una tappa e la classifica finale del Tour de l'Avenir.
Dopo aver ottenuto qualche top ten in brevi corse a tappe minori nel biennio 2014/15, inizia a raccogliere risultati importanti nel 2016. Prima si piazza 6º nella classifica finale (e secondo tra i giovani) al Tour Down Under. Poi ripete lo stesso piazzamento finale sia al Tour de Pologne che alla Vuelta a Burgos.
Prende il via alla Vuelta a España, suo secondo grande giro della carriera, per fare esperienza e supportare il compagno Nairo Quintana. Dopo essere arrivato secondo, assieme ai compagni della Movistar, nella cronosquadre di apertura, sorprende tutti sul breve arrivo in salita posto al termine della terza tappa. Inizialmente tiene un gran ritmo in favore dei capitani Quintana e Valverde. Poi, nel finale, scatta da solo andando a cogliere il secondo posto di giornata alle spalle di Alexandre Geniez. Questo gli permette, seppure per un solo giorno, di vestire la maglia rossa di capoclassifica. Nelle tappe successive continua ad aiutare il proprio capitano, contribuendo alla sua vittoria finale, e concludendo la corsa al 33º posto.
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