A partire dal 1935 divenne consigliere giuridico di Reinhard Heydrich, e in virtù di questo legame fece rapidamente carriera a livello accademico e politico, venendo lo stesso anno nominato professore aggiunto all'Università di Heidelberg e messo a capo dell'ufficio centrale berlinese del Sicherheitsdienst.[1] Nel 1936 fu nominato membro dell'Accademia di Legge Tedesca, e nel 1939 divenne direttore dell'Istituto di Ricerca Statale dell'Università di Berlino, ruolo che mantenne fino alla fine della guerra.[1][2] Inoltre tra il 1941 e il 1944 diresse la maggiore rivista di geopolitica delle SS, Reich - Volksordnung - Lebensraum.[2]
Fu un influente ideologo del nazismo, trovando con i suoi scritti giustificazioni giuridiche alle più controverse e immorali leggi naziste, e teorizzando l'asservimento totale del popolo al suo leader e l'annullamento della propria individualità a favore della Volksgemeinschaft.[1] Dopo la guerra, dopo essere stato nascosto per alcuni anni lavorando sotto falso nome come naturopata, nel 1956 fondò l'Akademie für Führungskräfte der Wirtschaft ("Accademia per dirigenti d'impresa") a Bad Harzburg.[1][2]
Johann Chapoutot, Nazismo e management. Liberi di obbedire [Libres d'obéir : le management, du nazisme à aujourd'hui], traduzione di Duccio Sacchi, Torino, Einaudi, 2021 [2020], ISBN978-88-06-24753-9.
Włodek Goldkorn, Johann Chapoutot : "Nessuna banalità il nazismo era un'azienda", in la Repubblica, 17 aprile 2021, p. 30.