Il suo primo libro fu una raccolta di poesie, Proche de l'argile ou la Remontée ("Vicino all'argilla o la Risalita"), pubblicata nel 1975. Da allora ha pubblicato una decina di opere, tra le quali dei racconti e dei romanzi di cui La Battaglia di San Romano che parla di un mistero che ruota attorno al celebre quadro di Paolo Uccello; Aubert, però, è conosciuto soprattutto per i suoi saggi, per esempio su André Malraux e il primo libro in francese su Salman Rushdie.
Attualmente Aubert vive a Losanna e nel sud della Francia, collabora a diverse riviste letterarie svizzere et francese (art press, Le Passe Muraille). Corrispondendo svizzero del Cerchio Ricerca e Notizia André Malraux, collabora alla redazione del Dizionario Malraux (a sembrare in 2011 alle Edizioni del CNRS a Parigi).
Opere
La Terrasse des éléphants, romanzo (Vevey, Éditions de l'Aire, 2009).
Le Paradoxe Balthus, saggio (Parigi, La Différence, 2005).
Malraux ou la Lutte avec l'ange. Art, histoire et religion, saggio (Ginevra, Labor et Fides, 2001).
La Bataille de San Romano, romanzo (Vevey, Éditions de l'Aire, 1993, ristampa 2006).
La Tentation de l'Est. Religion, pouvoir et nationalismes, saggio (Ginevra, Labor et Fides, 1991).
L'Affaire Rushdie. Islam, identité et monde moderne, saggio (Parigi, Le Cerf, 1990).
