Nel XVI secolo, la maggior parte della popolazione del vescovato di Halberstadt si era convertita al protestantesimo. Il vescovo Sigismondo di Brandeburgo, un franco sostenitore della Riforma, si dimise ufficialmente dalle sue funzioni religiose nel 1566, dopodiché il capitolo della cattedrale elesse Enrico Giulio di Brunswick-Wolfenbüttel, il figlio di due anni del duca Giulio, a succedergli. Il 7 dicembre 1578, il giovane, cresciuto nella fede luterana, fu investito nella Cattedrale di Halberstadt secondo un rigido cerimoniale cattolico, che scatenò un vivace dibattito in tutto l'Impero.
Secondo la Pace di Vestfalia del 1648, il principato-vescovile di Halberstadt venne abolito assieme ai principati ecclesiastici di Magdeburgo, Minden e Cammin che vennero assegnati all'elettore di brandeburgo Federico Guglielmo I come compensazione per la perdita della Pomerania Occidentale ceduta agli svedesi. Questo accordo venne negoziato dal rappresentante di Federico Guglielmo, Joachim Friedrich von Blumenthal, che in cambio venne nominato primo governatore secolare del nuovo principato.
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