Dal punto di vista geologico si ritiene che il pianoro delle Kerguelen sia di origine vulcanica e sia sorto circa 110 Ma (milioni di anni fa). La presenza di carbone e conglomerato di gneiss indica che per alcuni milioni di anni è stato al di sopra del livello del mare e che circa 50 Ma presentava flora e faunatropicale. Si ritiene pertanto che sia un microcontinente andato in subsidenza sotto il livello del mare circa 20 milioni di anni fa.