Il 9 novembre il Kaiserabdicò; in seguito all'abdicazione il cancelliere Max von Baden rassegnò le dimissioni in favore del leader socialdemocratico Friedrich Ebert; nonostante quest'ultimo avesse intenzione di continuare a sostenere la monarchia, installando al potere uno dei nipoti del Kaiser, di fronte all'imminente prospettiva di una rivoluzione in caso di mancata azione da parte dell'SPD, Scheidemann prese l'iniziativa e, affacciandosi a un balcone del Reichstag, proclamò la Repubblica Tedesca.
Divenuto capo del Governo Provvisorio nei mesi successivi alla proclamazione della Repubblica, Scheidemann fu nominato Cancelliere dall'Assemblea nazionale riunita a Weimar il 13 febbraio 1919, alla guida di un governo di coalizione con presenze minoritarie di liberali e cattolici conservatori. Si dimise tuttavia solo pochi mesi dopo, il 20 giugno, in contrasto con il Trattato di Versailles, ritenuto eccessivamente punitivo.
Non ebbe più incarichi nel governo federale, anche se restò attivo in politica, come sindaco di Kassel dal 1919 al 1925, quindi nuovamente come deputato del Reichstag.