Müller fu l'autore di Zoologiae Danicae Prodromus (1776). Quest'opera è stato il primo studio sulla fauna della Norvegia e della Danimarca, ed è riuscita a classificare oltre tremila Specie locale. Egli fu uno dei primi a studiare i microrganismi e a stabilire la classificazione di diversi gruppi di animali.
Zoologiae Danicae Prodromus, seu Animalium Daniae et Norvegiae Indigenarum characteres, nomina, et synonyma imprimis popularium.... Copenaghen, Hallager for the author. (1776) PDF; fu il primo manuale di zoologia danese e norvegese.
Fauna Insectorum Fridrichsdalina. Lipsiae: Hafniae et Gleditsch xxiv 96 pp.(1764).
Entomostraca seu Insecta Testacea, quae in aquis Daniae et Norvegiae reperit, descripsit et iconibus illustravit. 135 pp. (1785) PDF
