Dopo il ritorno in Inghilterra, avvenuto nel 1529, divenne il maggiore procuratore dell'Università di Cambridge. Intorno a questo periodo era sorto un aspro dibattito inerente alla supremazia del papa. Ridley era un profondo conoscitore delle Sacre Scritture e, in un colloquio tenutosi all'Università per risolvere tale questione, sostenne che il vescovo di Roma non aveva in realtà maggiore supremazia di un qualsiasi vescovo straniero.
Venne arso vivo sul rogo in compagnia di Hugh Latimer il 16 ottobre 1555, al Balliol College di Oxford, a causa dei suoi insegnamenti e per il supporto fornito a Jane Grey, regina per pochi giorni d'Inghilterra e d'Irlanda. Il suo supplizio si consumò assai lentamente e fu la causa di una grande sofferenza per il teologo. In onore del suo martirio, sul luogo in cui morì venne posta una croce di metallo lastricata su un tratto di strada.