Fondato da Clemente XIV nel 1771 dopo l'acquisizione delle collezioni Mattei e Fusconi, esso venne ampliato dal suo successore, Pio VI, che gli diede un ingresso monumentale con l’Atrio dei Quattro Cancelli e la Scala Simonetti, da cui si accedeva all'atrio di ingresso, la Sala a croce greca.
Il museo oggi è collocato in 12 sale, comprensive del Cortile Ottagono, e ospita importanti collezioni di epoca greca e romana.
Il percorso standardizzato per la visita si svolge in senso opposto alla numerazione originaria delle sale, cominciando dalla Galleria dei Candelabri e dalla Sala della Biga, e proseguendo nei seguenti ambienti:
