Nel 1986 si trasferisce a Jacksonville in Florida. Qui riesce a recitare in produzioni locali e, fino al 1993, lavora come insegnante e direttore del Flagler College. Nel 1993, si iscrive ad un Master in Belle Arti e Corso di formazione per Attori Professionali sponsorizzato dall'Alabama Shakespeare Festival dell'Università dell'Alabama. Nel 1995 termina il master e ritorna a New York, dove compare nella vetrina annuale dell'Alabama Shakespeare Festival.
Negli anni seguenti Emerson continua la sua esperienza teatrale mostrando il proprio talento nell'opera The Misanthrope del 1998 assieme ad Uma Thurman e nell'opera The Iceman Cometh del 1999 con Kevin Spacey. Ha recitato inoltre con Kate Burton in Give Me Your Answer, Do! e in Hedda Gabler.
Nel 2000 e nel 2001 offre al pubblico un'ottima performance nel ruolo di William Hinks in alcuni episodi della serie televisiva The Practice - Professione avvocati, grazie alla quale vince un Premio Emmy.
Nel 2006 partecipa ad alcuni episodi della seconda stagione della serie televisiva statunitense Lost, dove interpreta il misterioso personaggio di Benjamin Linus, per entrare poi nel cast principale della serie a partire dalla terza stagione. Per l'interpretazione di questo ruolo vince un Emmy nel 2009.
Un ulteriore successo in televisione arriva con l'interpretazione del miliardario ingegnere di software Harold Finch nella serie televisiva drammatica di spionaggio Person of Interest, ruolo che ricopre dal 2011 al 2016. Accanto a lui recita Jim Caviezel.
2001 – Vincitore del Premio Emmy per la migliore partecipazione in un episodio di una serie drammatica per il personaggio di William Hinks nella serie The Practice - Professione avvocati
2007 – Candidatura al Premio Emmy come miglior attore non protagonista in una serie drammatica per il personaggio di Benjamin Linus nella serie Lost
2007 – Vincitore del Saturn Award come miglior attore non protagonista in una serie drammatica per il personaggio di Benjamin Linus nella serie Lost
2009 – Vincitore del Premio Emmy come miglior attore non protagonista in una serie drammatica per il personaggio di Benjamin Linus nella serie Lost
Doppiatori italiani
Nelle versioni in italiano delle opere in cui ha recitato, Michael Emerson è stato doppiato da:
