Il singolare maschile del Madrid Open 2016 è stato un torneo di tennis facente parte dell'ATP World Tour 2016.
Andy Murray era il detentore del titolo, ma è stato sconfitto in finale da Novak Đoković con il punteggio di 6-2, 3-6, 6-3.
Le prime otto teste di serie ricevono un bye per il secondo turno.