Janogy inizia la carriera nelle giovanili del Falköping, venendo aggregata alla squadra titolare, iscritta alla Söderettan, dal 2010 e debuttando nel corso della stagione. Rimasta con la società le seguenti quattro stagioni, tra il 2011 e il 2014 disputa 74 partite segnando 64 reti.[1]
Nel luglio 2014 Janogy si trasferisce al Mallbackens IF[2] giocando per la prima volta in Elitettan, secondo livello del campionato svedese femminile di calcio, contribuendo con 6 reti siglate su 12 incontri di campionato a guadagnare la promozione in Damallsvenskan per il campionato entrante.[3] Nel novembre 2014 ha prolungato il contratto di un anno[4] rinnovandolo per un ulteriore anno nel novembre 2014.[5] Con la società dell'omonimo piccolo centro della contea di Värmland Janogy raggiunge il decimo posto in campionato, l'ultimo per ottenere la salvezza, mentre nel successivo la squadra perde ulteriormente competitività chiudendo al dodicesimo e ultimo posto, con conseguente retrocessione.
Nel dicembre 2016 Janogy decide di sottoscrivere un contratto annuale con il Piteå IF[6], rinnovandolo con la società nel novembre 2017 per un'ulteriore stagione oltre a un'opzione per un altro anno.[7] Già nel campionato 2017 Janogy chiude la stagione con 7 reti su 22 presenze, migliore realizzatrice della squadra, con il Piteå IF che chiude al quarto posto, mentre nel campionato 2018 con 4 marcature è solo quarta nella classifica marcatrici della squadra, a pari merito con la norvegeseAndrea Norheim e dietro alle connazionali Julia Karlenäs (11), Nina Jakobsson (7) e Cecilia Edlund (6). Quello è anche la stagione che vede il Piteå IF conquistare il suo primo titolo di campione di Svezia.
Il 3 gennaio 2024 Janogy passa a titolo definitivo alla Fiorentina, in Serie A, con cui firma un contratto valido fino al 30 giugno 2026.[8][9] Il 21 gennaio seguente segna i suoi due primi gol in maglia viola, contribuendo alla vittoria per 3-1 in campionato sul Pomigliano.[10]
^(SV) Madelen Janogy, su falkopingskik.se. URL consultato l'8 marzo 2018.
^(SV) Janogy blir värmländska, su falkopingskik.se, 10 luglio 2014. URL consultato l'8 marzo 2018 (archiviato dall'url originale l'8 marzo 2018).
^(SV) Janogys Mallbacken uppflyttade, su sla.se, 7 ottobre 2014. URL consultato l'8 marzo 2018 (archiviato dall'url originale l'8 marzo 2018).
^Madelen Janogy klar för 2015!, su mallbacken.com, 23 novembre 2014. URL consultato l'11 giugno 2019 (archiviato dall'url originale il 9 marzo 2018).
^Madelen Janogy klar för 2016, su mallbacken.com, 25 novembre 2015. URL consultato l'11 giugno 2019 (archiviato dall'url originale il 9 marzo 2018).
^(SV) Madelen Janogy klar för Piteå IF, su falkopingstidning.se, 26 dicembre 2016. URL consultato l'8 marzo 2018 (archiviato dall'url originale l'8 marzo 2018).
^(SV) Anfallaren kvar i Piteå, su pt.se, 2 novembre 2017. URL consultato l'8 marzo 2018 (archiviato dall'url originale il 9 marzo 2018).
^Welcome Madelen!, su ACF Fiorentina, 3 gennaio 2024. URL consultato il 4 gennaio 2024.