Lisa Ek ha passato la maggior parte della sua carriera nelle file del Kopparbergs/Göteborg, vincendo per due volte la Svenska Cupen. Nel luglio 2012 ha accettato la proposta del LdB Malmö e dopo sette anni ha lasciato Göteborg[3]. Nel settembre 2012 è stata vittima di un serio infortunio al legamento crociato anteriore, che l'ha tenuta lontana dai campi di gioco per sei mesi[4]. A Malmö ha giocato per altre due stagioni, vincendo la Damallsvenskan nel 2014, con la squadra che intanto aveva cambiato denominazione in FC Rosengård. Nel 2014 è tornata a vestire la maglia del Kopparbergs/Göteborg, per poi lasciare la Svezia nell'estate del 2015 per vestire la maglia viola della Fiorentina[5] per giocare per la prima volta in carriera in un campionato estero, quello italiano, in Serie A.
Durante la stagione 2015-2016 Ek viene impiegata dal tecnico Sauro Fattori con costanza, contribuendo a conquistare il terzo posto in classifica a fine campionato, giocando 21 dei 22 incontri in calendario e siglando la sua prima rete il 7 maggio 2016, alla 20ª giornata, quella del parziale 2-0 sul Südtirol, partita poi terminata 4-3 per la Fiorentina.[6]
