La stagione 2005-2006 della Libertas Trogylos Basket è stata la ventesima consecutiva disputata in Serie A1 femminile.
La società siracusana si è classificata al secondo posto nella massima serie e ha partecipato ai play-off per lo scudetto. Ha eliminato Maddaloni e Faenza, poi ha perso 3-2 la finale contro Schio.
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