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Fu battezzato il 14 aprile 1716 nella Sala dei Cavalieri dell'Hofburg di Vienna con l'acqua del Giordano proveniente dalla Terra Santa per mano del nunzio pontificio insieme al prevosto della cattedrale di Santo Stefano e all'abate scozzese. Erano presenti anche l'arcivescovo di Praga, Franz Ferdinand von Kuenburg, e l'arcivescovo di Valencia, oltre ad altri otto vescovi e nove abati. Il padrino era il re Giovanni V del Portogallo, che era sposato con Maria Anna d'Austria, zia di Leopoldo Giovanni.
In occasione della nascita, Carlo VI commissionò una preziosa medaglia, battuta in circa 4000 esemplari, di cui solo 30 furono inviati a Vienna e le restanti furono distribuite al popolo.[1] L'importante compositore barocco austriaco Johann Joseph Fux, per celebrare la nascita, scrisse l'opera Angelica vincitrice di Alcina, che fu rappresentata per la prima volta il 14 settembre 1716. La scenografia fu progettata da Giuseppe Galli da Bibbiena. Alla prima erano presenti la coppia imperiale, la casa reale e numerosi ambasciatori.
Leopoldo Giovanni d'Asburgo morì a Vienna il 4 novembre 1716, a soli sette mesi. È sepolto nella Cripta Imperiale di Vienna.
Con Carlo VI e la morte dell'unico figlio Leopoldo Giovanni, la linea maschile degli Asburgo d'Austria si estinse.
