Prantl nacque a Monaco di Baviera, Regno di Baviera; studiò a Monaco. Nel 1870 si laureò con la tesi Das Inulin. Ein Beitrag zur Pflanzenphysiologie (L'inulina, un contributo alla fisiologia vegetale). Lavorò con Carl Wilhelm von Nägeli e Julius Sachs. Dal 1887 pubblicò Die Natürlichen Pflanzenfamilien con il collega botanico Adolf Engler, che lo completò nel 1915.
Nel 1877 divenne professore presso l'istituto scolastico di Aschaffenburg, in seguito si trasferì presso l'Università di Breslavia nel 1889, dove divenne anche direttore del giardino botanico. Prantl ha lavorato particolarmente sul Crittogame.
