Karel Škorpil iniziò ad interessarsi all'archeologia già quando era un giovane insegnante e, in una carriera di oltre 50 anni, egli arrivò a pubblicare un totale di oltre 150 articoli, sia come singolo autore che in collaborazione con il fratello Hermann, riguardanti per la maggior parte la Bulgaria, di cui alcuni scritti anche in tedesco, russo e ceco. Tra i suoi vari lavori, egli intraprese e coordinò gli scavi dei castelli bulgari medievali di Pliska, Preslav e Madara e portò alla luce alcune palafitte preistoriche presenti nel lago di Varna.
Tutte le ricerche dei fratelli Škorpil erano autofinanziate e tutti i monumenti e i manufatti riportati alla luce sono rimasti conservati in Bulgaria.
Riconoscimenti
La strada di Varna dove risiedevano i fratelli Škorpil e il villaggio sul Mar Nero di Shkorpilovtsi, sono stati rinominati in onore dei due fratelli.[2]
Il ghiacciaio Škorpil, nella Terra di Graham, in Antartide, è stato così battezzato in onore di Karel Škorpil.