Nel 1925, quando il Bauhaus si trasferì a Dessau, divenne professore.
In quegli anni le sue opere cercano di sovvertire il carattere statico della pittura per mettere in evidenza l'instabilità delle forme; per fare questo Albers ripete modelli geometrici astratti, facendo uso quasi esclusivamente dei colori primari.
Le sue creazioni di questo periodo includono stampe, progetti di mobili, lavori in metallo, ma soprattutto collage di vetro colorato che permettono continue variazioni di luce.
A causa della repressione nazista, nel 1933 il Bauhaus fu costretto alla chiusura.
In questi anni Albers si concentrò su diverse serie di pitture, fatte da disegni geometrici tra loro simili che danno effetti di ambiguità, il cui scopo è di esplorare sistematicamente gli effetti della percezione.
La sua serie più nota, “Omaggio al quadrato” (serie cominciata nel 1949), è fatta da semplici quadrati ripetuti e sovrapposti, colorati con diverse tonalità che creano un effetto ottico di profondità.
Albers è ricordato anche come teorico dell'arte astratta: tenne molte conferenze e pubblicò diversi libri e articoli in cui cercò di indagare la logica intrinseca che governa i colori.
Le sue teorie ebbero un'influenza importante su generazioni di giovani artisti, formando in particolare il fondamento dell'astrazione dell'Op art.
Nei suoi studi sull'arte ottica collaborò con alcuni artisti italiani fra i quali Getulio Alviani