Figlio di Linda (ex modella) e Myles Marsden (ballerino), Jason Marsden inizia la sua carriera di attore e doppiatore a 10 anni.
Tra il 1988 e il 1991, è nel cast fisso della serie televisiva I mostri vent'anni dopo (The Munsters Today), remake della serie classica degli anni sessanta I mostri (The Munsters, 1964-1966), concorrente e rivale della serie La famiglia Addams (The Addams Family, 1964), entrambe girate in bianco e nero e con protagonista una famiglia bizzarra e macabra. Nella serie vi interpreta il ruolo del piccolo Eddie Munster, già interpretato da Butch Patrick nella serie originale, il figlio della vampiraLily e del mostro di FrankensteinHerman Munster.
Nel 2004 si è sposato con la produttrice Christy Hicks, da cui ha avuto un figlio, nato il 10 febbraio 2010. Nel 2020 hanno divorziato dopo sedici anni di matrimonio. Marsden vive a Nashville, Tennessee e Los Angeles, California.
Nel 2005, Marsden e Hicks hanno aperto uno studio di yoga a Burbank, in California, intitolato "Yoga Blend", che si è trasferito in una sede più grande nel 2007. Nel marzo 2020, "Yoga Blend" è stato chiuso a causa della pandemia di COVID-19 e chiuso definitivamente il 30 dicembre 2020 a causa di problemi finanziari.
Nel 2020, Marsden ha rivelato di avere una fidanzata durante un'intervista per una serie su YouTube.
Non ha nessun grado di parentela con l'attore James Marsden.