Il Japan Open Tennis Championships 2013 è stato un torneo di tennis giocato su campi in cemento all'aperto. Si tratta della 41ª edizione del Japan Open Tennis Championships e faceva parte del circuito ATP World Tour 500 series nell'ambito dell'ATP World Tour 2013. Gli incontri si sono svolti all'Ariake Coliseum di Tokyo, Giappone, dal 30 settembre al 6 ottobre 2013.
* Ranking al 23 settembre 2013.
I seguenti giocatori hanno ricevuto una wildcard per il tabellone principale:
I seguenti giocatori sono passati dalle qualificazioni:
Juan Martín del Potro ha sconfitto in finale Milos Raonic per 7–6(5), 7-5.
Rohan Bopanna / Édouard Roger-Vasselin hanno sconfitto in finale Jamie Murray / John Peers per 7–6(5), 6-4.