La stagione IBA 1998-99 fu la quarta della International Basketball Association. Parteciparono 10 squadre divise in due gironi.
Rispetto alla stagione precedente si aggiunsero i Billings RimRockers e i Mansfield Hawks. i Black Hills Posse cambiarono nome in Rapid City Thrillers, mentre i St. Paul Slam! si trasferirono a Rochester[1], rinominandosi Rochester Skeeters.