Il comune venne istituito il 5 agosto 1974. Il toponimo «Inírida» significa «specchietto di Sole» nella lingua locale dell'etnia Puinave, del Guainía.[2] Secondo la leggenda, la principessa Inírida si sarebbe trasformata nei fiori - molto simili tra di loro - che ancora portano il suo nome (flor de Inírida de invierno: Guacamaya superba e flor de Inírida de verano: Schoenocephalium teretifolium) e crescono solo in quella regione, nota come stella fluviale di Inírida, in prossimità del fiume Inírida e del Guainía. Il fiore stilizzato appare anche nella bandiera del dipartimento.