Il territorio del Guainía è prevalentemente pianeggiante ed è solcato nella sua parte centrale dal fiume Inírida che confluisce nel Guaviare. Nella parte meridionale, scorre il Guainía, che poi prende il nome di Rio Negro e sfocia nel rio delle Amazzoni.
Geografia antropica
Il dipartimento di Guainía si compone di 1 comune e 8 Distretti dipartimentali (corregimientos departamentales).
^(ES) Dati del censimento 2005 forniti dal DANE - Departamento Administrativo Nacional de Estadística (PDF), su dane.gov.co. URL consultato il 28 settembre 2009 (archiviato dall'url originale l'11 giugno 2008). Il dato si riferisce alla popolazione effettivamente censita, in quanto in alcune zone il censimento è stato solo parziale a causa delle difficoltà di accesso. Il DANE stima per il dipartimento una popolazione reale di 35.230 abitanti.