Nel corso della sua prima stagione, militando nel quarto girone della Vtoraja liga, la società era denominata FK SUO Mosca. Nel periodo compreso tra il 1994 e il 1997, la società militò nella Tret'ja Liga. In seguito perse lo status di squadra professionistica e giocò in competizioni di carattere semiprofessionistico, tra le quali il Pervenstvo Rossii sredi ljubitel'skich futbol'nych klubov (per i campionati 1998-2003, 2005, 2007-2011, 2012) e la coppa di Russia per le squadre semiprofessionistiche.
A partire dalla stagione 2014/15 il club professionistico è stato ricostituito. Nelle stagioni 2014/15, 2015/16 e 2016/17 la squadra ha militato nella divisione di centro della Pervenstvo Professional'noj Futbol'noj Ligi. Nella stagione 2017/18 ha invece giocato nelle divisione ovest. Le partite casalinghe della squadra si disputavano nello stadio "Čertanovo Arena" (in precedenza la squadra aveva utilizzato gli impianti "Planeta" di Podolsk, "Yantar" di Strogino e "Oktyabr" di Mosca).
La squadra ha inoltre partecipato alla Kubok FNL in tre occasioni: 2016, 2017 (finalista), 2018.
Nel 2018, il Čertanovo è diventato il club con l'età media più bassa ad ottenere la promozione nella Pervenstvo Futbol'noj Nacional'noj Ligi: l'età media dei suoi giocatori era meno di 19 anni. A causa dell'inadeguatezza della Čertanovo Arena e degli elevati costi di affitto degli impianti a norma ad essa più prossimi (lo stadio "Trud" di Podolsk e l'Eduard Streltsov), le partite casalinghe nella stagione 2018/19 si sono disputate negli stadi "Avangard" di Domodedovo, nello Stadio Lužniki e nella "Sapsan Arena" di Mosca.
La squadra termina la stagione 2018-2019 al quinto posto, al ridosso della zona play-off.
La stagione 2019–2020 è parimenti positiva, ma viene interrotta a causa del COVID-19. La classifica all'interruzione del campionato vede il club al terzo posto (causa differenza reti) ma a pari punti con il Futbol'nyj Klub Chimki secondo. La decisione di non disputare i play-off promozione e la promozione automatica delle prime due classificate penalizzano il Čertanovo.
Prima dell'inizio della stagione 2020–2021 l'allenatore del Čertanovo Igor' Osin'kin e ben otto giocatori della squadra passano al Kryl'ja Sovetov Samara. Il Čertanovo privato di elementi chiave della sua formazione termina il campionato in penultima posizione e viene relegato nella Pervenstvo Professional'noj Futbol'noj Ligi (terza divisione russa).
La stagione 2021-2022 è parimenti molto difficile, con il Čertanovo che, inserito nel Gruppo B del Gruppo 2 (Ovest), evita la retrocessione nella Pervenstvo Rossii sredi ljubitel'skich futbol'nych klubov in virtù della revoca della licenza inflitta alla Olimp-Dolgoprudny-2.
Squadra riserve
Nella stagione 1993-1994 e nuovamente a partire dalla stagione 2014, la squadra giovanile "Čertanova" ("Čertanova-M") ha giocato nel Pervenstvo Rossii sredi ljubitel'skich futbol'nych klubov, nella regione di Mosca centro. A seguito della promozione della prima squadra nella Pervenstvo Futbol'noj Nacional'noj Ligi la squadra giovanile si è ritirata dalla quarta divisione ed è entrata nella Vtoroj divizion in qualità di squadra riserve del club con il nome di Čertanovo-2.
