Nella stagione 2016-2017 il FK Rubin Kazan' ha disputato la Prem'er-Liga, massima serie del campionato russo di calcio, terminando il torneo al nono posto con 38 punti conquistati in 30 giornate, frutto di 10 vittorie, 8 pareggi e 12 sconfitte. Nella Coppa di Russia è sceso in campo a partire dai sedicesimi finale, raggiungendo le semifinali dove è stato eliminato dall'Ural.