È stato uno dei primi virtuosi moderni di uno strumento riscoperto solo in tempi recenti: il flauto dolce. È stato altresì il fondatore di una grande scuola nella quale si sono formati eminenti flautisti barocchi, in particolare Kees Boeke e Walter van Hauwe. Lo studio organologico da lui intrapreso ha fornito un notevole impulso alla creazione di copie fedeli di flauti del XVI, XVII e XVIII secolo. Di rilievo i suoi concerti e le sue registrazioni con gli altri due padri della rinascita interpretativa barocca (1960-1980), il clavicembalistaGustav Leonhardt ed il violoncellistaAnner Bijlsma.
Discografia parziale
Beethoven: Violin Concerto - 2 Romances - Frans Brüggen/Orchestra of the 18th Century/Thomas Zehetmair, 1998 Philips
Haydn: The "London" Symphonies Vol. 1, No. 93, 94, 97, 99, 102 & 103 - Frans Brüggen/Orchestra of the 18th Century, 2001 Philips
Haydn: The "London" Symphonies, Vol. 2, No. 95, 96, 98, 100, 101 & 104 - Frans Brüggen/Orchestra of the 18th Century, 2001 Philips
Mozart: Clarinet Concerto & Clarinet Quintet - Eric Hoeprich/Frans Brüggen/Orchestra of the 18th Century, 1988 Philips
Mozart: Missa in C, "Coronation Mass" - Frans Brüggen/Netherlands Chamber Choir/Orchestra of the 18th Century, 1994 Philips
Mozart: Serenade, K. 361 "Gran partita" - Frans Brüggen/Orchestra of the 18th Century, 1989 Philips
Mozart: Symphony No. 41 & La Clemenza di Tito Overture - Frans Brüggen/Orchestra of the 18th Century, 1987 Philips
Mozart: Piano Concertos Nos. 20 & 24 - Frans Brüggen/John Gibbons/Orchestra of the 18th Century, 1987 Philips
Jean-Philippe Rameau: Orchestral Suites - Frans Brüggen/Orchestra of the 18th Century, 1998 Glossa
Rameau: Les Indes Galantes Suite - Frans Brüggen/Orchestra of the Eighteenth Century, 1994 Philips
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