Il futuro patriarca nacque a Vladikavkaz, città dell'Ossezia Settentrionale, il 4 gennaio 1933. Fu battezzato pochi giorni dopo, in occasione del Nataleortodosso, con il nome di Irakli, scelto in onore del re georgiano Eraclio II. La sua famiglia discendeva da un influente clan delle aree montuose della Georgia orientale imparentato con l'ex dinastia reale dei Bagrationi.
Il 26 agosto 1963 fu consacrato vescovo di Shemokmedi dal catholicos patriarca Efrem II. Contestualmente fu nominato vicariopatriarcale. Dal 1963 al 1972 fu anche primo rettore del seminario teologico di Mtskheta, l'unico attivo nel paese in quel periodo. Nel 1967 divenne vescovo di Sukhumi e nel 1969 fu elevato al rango di metropolita. Nel 1977, a seguito della morte del controverso catholicos patriarca Davide V, Elia fu eletto suo successore il 23 dicembre. La cerimonia di intronizzazione ebbe luogo il 25 dicembre.
Il nuovo patriarca intraprese una serie di riforme che consentirono alla Chiesa georgiana di riacquistare gradualmente il prestigio e l'influenza perduti a causa delle politiche antireligiose delle autorità comuniste. Durante gli ultimi anni dell'era sovietica Elia II fu coinvolto attivamente nella vita sociale del paese. Il 9 aprile 1989 si unì ad una manifestazione pacifica svoltasi a Tbilisi contro le autorità sovietiche e, inutilmente, esortò i partecipanti a ritirarsi nella chiesa di Kashveti al fine di evitare spargimenti di sangue. La manifestazione fu dispersa con la forza dalle truppe sovietiche, causando la morte di 22 persone e centinaia di feriti. L'episodio passò alla storia con il nome di "massacro di Tbilisi". Durante la guerra civile georgiana scoppiata all'inizio degli anni novanta Elia II richiamò le parti in conflitto a cercare soluzioni pacifiche ai problemi.
Il patriarca è noto per le sue posizioni favorevoli all'instaurazione della monarchia costituzionale in Georgia. Il 7 ottobre 2007, nel corso di un sermone, espresse pubblicamente il suggerimento di tenere in considerazione l'ipotesi del ripristino del sistema monarchico con a capo la dinastia dei Bagrationi.[1] La proposta giunse in concomitanza con l'inasprimento dello scontro tra il governo di Mikheil Saak'ashvili e l'opposizione (i cui membri accettarono il suggerimento del patriarca).[2]
Durante la crisi russo-georgiana dell'agosto 2008 Elia II manifestò amarezza alle autorità religiose e politiche russe per la guerra fratricida e negò l'accusa di genocidio nell'Ossezia del Sud rivolta dai russi ai georgiani. Nel dicembre dello stesso anno si recò a Mosca per partecipare ai funerali del patriarca Alessio II. Nel corso del viaggio incontrò il presidenteDmitrij Medvedev dando avvio ad una parziale distensione dei rapporti.[3] Nel gennaio 2013 è tornato in Russia per incontrare il patriarca Cirillo e il presidente Vladimir Putin.[4]
«Per le attività della Chiesa finalizzate ad aumentare l'autorità dell'Ortodossia nel mondo e in occasione del 1025º anniversario dell'arrivo del cristianesimo nella Rus' di Kiev» — 27 luglio 2013
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