La Coppa Intertoto UEFA 2006 è stata la 12ª edizione della Coppa Intertoto. Si è svolta in tre turni e le 11 squadre che hanno superato il terzo turno sono state ammesse al secondo turno di qualificazione della Coppa UEFA 2006/07[2].
Secondo la nuova formula del torneo, introdotta quest'anno, la formazione proveniente dall'Intertoto che ha successivamente effettuato il cammino più lungo in Coppa UEFA è la squadra che si aggiudica il trofeo.[5]
Questi i piazzamenti delle 11 squadre vincenti il terzo turno di Coppa Intertoto:
Newcastle Utd: Ottavi di finale. Vince la Coppa Intertoto 2006.
^A questa edizione non partecipano squadre italiane, autoesclusesi a causa dell'impossibilità di stilare per tempo le classifiche definitive dei campionati, visto lo svolgersi delle inchieste sullo scandalo intervenuto nel mondo del calcio. Avrebbe dovuto partecipare il Palermo, sostituito dalla francese Auxerre.