Nel 1840 il forte DeSoto fu stabilito nell'odierna Contea di Hernando per proteggere i coloni dalle aggressioni degli indigeni. IL forte divenne una piccola comunità, con un ufficio postale ed una stazione sulla via per Tampa. Quando iniziò l'insediamento presso il forte il centro fu inizialmente conosciuto come Pierceville. La contea venne ufficialmente creata nel 1843, due anni prima dell'annessione della Florida nell'Unione. Il nome deriva dall'esploratore spagnolo Hernando de Soto.
Nel 1887 la contea venne divisa, secondo la legislatura statale della Florida, in tre contee indipendenti, Citrus, Pasco, ed Hernando. I confini della contea sono rimasti invariati sino ad oggi.
