Nel 1977, dopo la morte del generale Francisco Franco, la Confederazione francese subì una prima scissione di un gruppo parigino, la CNT 2ème UR detta anche La Tour d'Auvergne (derivato dal nome della strada dove era situata la sede di Parigi), anche se nel 2006 si riunificò con la CNT-AIT originale.
Nel 1993 la Confederación Nacional de Trabajo francese subì una seconda scissione, nella quale un gruppo di Parigi optò per la partecipazione alle elezioni sindacali. Questa decisione portò all'abbandono della maggior parte dei militanti dalla Asociación Internacional de los Trabajadores, formando un nuovo sindacato chiamato CNT-Vignoles (CNT-f).
Attualmente due organizzazioni francesi condividono il nome di CNT in Francia, la CNT-f e la CNT-AIT.