La scelta di dare vita ad una confederazione della piccola impresa trova la propria origine nella struttura produttiva italiana.
Organizzata a livello regionale in federazioni regionali e a livello provinciale da sedi territoriali conosciute come Api, Confapi, Api Industria o Confapi Industria. La Confederazione rappresenta oggi la sintesi di un ampio sistema: più di 116 mila imprese con oltre 1 milione e 200 mila addetti che applicano i 13 Contratti nazionali di lavoro firmati da Confapi (dati Inps); 63 sedi territoriali e distrettuali; 13 Unioni nazionali di categoria (CONFAPI ANIEM, UNIGEC, UNIMATICA, UnionAlimentari, UNIONCHIMICA, UNIONMECCANICA, UNIONSERVIZI, UNIONTESSILE, UNITAL, CONFAPI SALUTE, UNIVERSITA’ E RICERCA, CONFAPI TURISMO E CULTURA, CONFAPI TRASPORTI, CONFAPI AMBIENTE) [2] e un’Associazione nazionale di categoria a cui si aggiungono 2 Gruppi di interesse; 13 Enti bilaterali.[3].
A livello europeo è socio fondatore dell'UEAPME (Unione Europea dell'Artigianato e delle Piccole e Medie Imprese) ma dal marzo del 2013 ha aderito a CEA-PME,[4] di cui Maurizio Casasco ha assunto la presidenza il 23 marzo 2021[5].
Confapi è membro del CNEL, il Consiglio Nazionale dell'Economia e del Lavoro.