Il club fu fondato nel 1921, allorché tre squadre di Luque - Marte Atlético, General Aquino e Vencedor - decisero di confluire in un'unica squadra, che fu chiamata Sportivo Luqueño. Dopo appena tre anni dalla sua nascita, il club era già in prima divisione a lottare per il titolo nazionale. Lo Sportivo Luqueño vinse due titoli nazionali nel 1951 e nel 1953 come allenatore Vessilio Bartoli. Hanno inoltre vinto il torneo di Apertura 2007 del campionato paraguaiano.
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