Il DNCG ha stabilito che il Le Mans FC, retrocesso nella Ligue 2 2012-2013, è stato retrocesso nella divisione Honneur per motivi finanziari. L'FC Rouen, che si è classificato 5 ° nel Championnat National 2012-2013, è stato retrocesso nella divisione Honneur a causa della contabilità del club e dei suoi debiti. Inoltre, CS Sedan Ardennes, retrocessa nella Ligue 2 2012-2013, è stata retrocessa nel dilettante 2 Championnat de France a causa della sua liquidazione giudiziaria.
Le squadre sono state sostituite dall'FC Bourg-Péronnas che ha chiuso in 15ª posizione, l'ES Uzès Pont du Gard (16°) e il Paris FC (17°). Le tre squadre dovevano essere retrocesse nella Championnat National 2012-2013, poiché il DNCG aveva in programma di cambiare il numero di squadre in questa divisione, ovvero da 20 a 18 squadre
Il 20 marzo 2014, il presidente di Carquefou ha dichiarato che il club non sarà in grado di disporre di mezzi finanziari per continuare la Championnat National nella prossima stagione. Il club sarebbe stato rispedito alla Division d'Honneur.