La cronometro maschile Junior dei Campionati europei di ciclismo su strada 2013 si è svolta il 18 luglio 2013 a Frýdek-Místek, nella Repubblica Ceca, per un percorso di 23,5 km. La medaglia d'oro è stata vinta dal russo Nikolaj Čerkasov con il tempo di 27'45"51 alla media di 48,63 km/h, argento al belga Igor Decraene e a completare il podio il francese Rémi Cavagna.