La trentottesima edizione della gara maschile Junior dei Campionati del mondo di ciclocross 2016 si svolse il 30 gennaio 2016 con partenza ed arrivo da Heusden-Zolder in Belgio, su un percorso totale di 16,4 km. La vittoria fu appannaggio dell'olandese Jens Dekker, il quale terminò la gara in 43'05", alla media di 22,84 km/h, precedendo i francesi Mickaël Crispin e Thomas Bonnet terzo.
Partenza con 64 ciclisti provenienti da 21 nazioni, dei quali 62 portarono a termine la competizione.