La costruzione della basilica venne ordinata da Casimiro III nell 1335 ma la costruzione iniziò a partire dal 1385 e durò fino a circa la metà del XV secolo.
Originariamente era destinata a essere una chiesa monastica, il che spiega il grande appezzamento di terreno su cui sorge e la presenza di un cimitero monastico. Nel 1404 il re Ladislao II Jagełłone lo assegnò ai canonici regolari lateranensi, una congregazione che aveva portato da Kłodzko.
Interno
Nel 1655, durante la seconda guerra del Nord, la chiesa venne depredata e l'interno completamente devastato dall'invasione svedese passata alla storia con il nome di Diluvio. Questo spiega perché l'interno della chiesa sia caratterizzato dalla mescolanza tra l'architettura gotica polacca e quella barocca.
La chiesa è nota per contenere uno degli stalli del coro barocco più belli dell'Europa centrale.[2]
La Basilica del Corpus Domini ospita gli organi più grandi di Cracovia e lo strumento principale è stato costruito tra il 1958 e il 1963 utilizzando alcuni elementi del vecchio organo risalente agli anni settanta del Settecento. Gli organi hanno un totale di 5 950 canne e 25 campane e il loro suono a 70 metri di distanza l'uno dall'altro regala all'ascoltatore un'esperienza unica.[3]
