A partire dal regno di Ottocaro I (1198 - 1230) il capitolo della cattedrale ebbe il privilegio dell'elezione del vescovo, mentre al re di Boemia spettava il diritto a conferire l'investitura. Nel primo quarto del XIII secolo vi furono gravi contrasti tra il vescovo Ondřej e il re di Boemia, che voleva abrogare i privilegi del clero, al termine dei quali il vescovo scagliò l'interdetto sul regno. Si arriverà ad un concordato nel 1220. Il resto del secolo vide una fioritura di ordini religiosi a Praga e in Boemia, ma già verso la fine del secolo fanno la comparsa sette ereticali, che propagandavano la comunanza di spose e di beni.
All'inizio del XIV secolo una disputa oppose il vescovo Jan z Dražic agli ordini mendicanti, a cui fu proibito di predicare nelle chiese parrocchiali e di ascoltare le confessioni. Lo stesso vescovo stabilì il tribunale dell'Inquisizione, ma dopo il primo processo che vide la consegna all'autorità statale di quattordici eretici e la loro condanna al rogo, cacciò il tribunale e liberò i detenuti.
Il 30 aprile 1344papa Clemente VI elevò la sede di Praga al rango di arcidiocesimetropolitana in forza della bollaEx superne providencia, con suffraganee Olomouc e Litomyšl; quest'ultima diocesi fu eretta lo stesso giorno con territorio dismembrato dalla diocesi di Praga. Il 25 agosto dello stesso anno in virtù della bolla Attendentes Pragensem ecclesiam dello stesso papa Clemente VI fu concesso agli arcivescovi di Praga il pallio. All'arcivescovo spettava il diritto di conferire unzione e incoronazione al re di Boemia, quindi godeva delle prerogative di un primate.
Nel 1348Carlo IV fondò l'università, di cui il vescovo era di diritto cancelliere (Protector studiorum et Cancellarius).
La diffusione degli ussiti coincise con una crisi dell'arcidiocesi, che rimarrà vacante per ben centoquarant'anni dal 1421 al 1561. Anche la diocesi di Litomyšl visse un periodo di declino, ebbe il suo ultimo vescovo nel 1474 e fu retta da amministratori fino alla metà del XVI secolo, quindi fu soppressa e parte del suo territorio ritornò all'arcidiocesi di Praga.
Nel 1556 i gesuiti stabilirono a Praga un prestigioso collegio e dopo cinque anni dal loro arrivo Praga riebbe un arcivescovo.
Tuttavia i rapporti con le autorità politiche, inclini al protestantesimo, rimasero tesi. Nel 1618 l'arcivescovo ordinò la chiusura di due chiese protestanti e quando il re sanzionò la decisione, scoppiarono i tumulti della terza defenestrazione di Praga, che darà inizio alla Guerra dei Trent'anni.
Nel 1627Ferdinando II concesse alla Chiesa ampi privilegi e all'arcivescovo di Praga il titolo di primate.
A partire dagli anni '70 del XVIII secolo, Maria Teresa adottò una politica restrittiva verso i privilegi ecclesiastici, che giunse a proibire gli studi teologici a Roma, a subordinare l'accettazione di dignità ecclesiastiche della Santa Sede all'approvazione imperiale e perfino a limitare il numero delle candele nelle funzioni.
Nel 1777 la sua provincia ecclesiastica si ridusse per l'elevazione al rango di arcidiocesi metropolitana della diocesi di Olomouc, già sua suffraganea.
Il 20 settembre 1785 l'arcidiocesi cedette una porzione del suo territorio a vantaggio dell'erezione della diocesi di České Budějovice.
La politica ecclesiastica di Maria Teresa trovò la sua evoluzione nel giuseppinismo, che impose la chiusura di molti monasteri e la loro confisca. Un risvolto positivo fu che i fondi così confiscati furono parzialmente impiegati per l'erezione di nuove parrocchie. Anche l'erezione della diocesi di České Budějovice fu finanziata in questo modo.
Un periodo difficile per la Chiesa iniziò con la costituzione della Cecoslovacchia. Nel novembre 1918 l'arcivescovo Pavel Huyn dovette abbandonare il territorio del nuovo Stato (e a dimettersi l'anno seguente), poiché il nuovo governo accusava la Chiesa di essere rimasta fedele al deposto Carlo I d'Austria e di favorire troppo i germanofoni. I rapporti tra la Chiesa e il governo erano difficili anche per il progetto di nascita della nuova Chiesa nazionale cecoslovacca, a cui il governo stesso assegnò molti luoghi di culto cattolici in tutto lo Stato.[3]
Il 28 luglio 1921 in forza del decreto Incolae cuiusdam della Congregazione concistoriale acquisì dalla diocesi di České Budějovice il villaggio di Dolní Kamenice presso Holýšov.[4]
Il 31 maggio 1993 l'arcidiocesi ha ceduto un'altra porzione del suo territorio a vantaggio dell'erezione della diocesi di Plzeň. Contestualmente sono stati rivisti i suoi confini con le vicine diocesi di Litoměřice, České Budějovice e Hradec Králové.[6]
Cronotassi
Dětmar (Thietmar), O.S.B. † (23 marzo 973 - 2 gennaio 982 deceduto)
^Ľuboslav Hromják, Pietro Gasparri, il governo cecoslovacco e la Slovacchia, in: Laura Pettinaroli, Massimiliano Valente (a cura di), Il cardinale Pietro Gasparri, segretario di Stato (1914–1930) (PDF) (archiviato dall'url originale il 28 luglio 2023)., Heidelberg University Publishing, 2020, pp. 185-206.