Il 18 marzo 1990 vinse le prime elezioni libere della Germania Est: infatti, con il 48,15% dei voti (CDU 40,9%; DSU 6,3%; DA 0,9 %) elesse 192 nuovi deputati, su 400 totale. Non raggiungendo tuttavia la maggioranza assoluta, l'Alleanza costruì una Große Koalition con i liberali (BFD) ed i socialdemocratici (SDP): questo schieramento elesse il 12 aprile Primo ministro il leader dell'Alleanza Lothar de Maizière (CDU).
Con la riunificazione tedesca (3 ottobre 1990) e la conseguente fine della DDR, l'Alleanza terminò la sua esistenza.