Fokker apportò diversi contributi alla relatività speciale e alcuni contributi meno noti alla relatività generale, in particolare nell'area della precessione geodetica, i fenomeni di precessione di un giroscopio in caduta libera in un campo gravitazionale.[2]
Nel 1938 Fokker, insieme a Dirk Coster e Otto Hahn, aiutò la fisica ebrea Lise Meitner a fuggire dall'Austria nei Paesi Bassi. "Fokker e Coster sapevano entrambi che le posizioni universitarie non erano di fatto disponibili per gli stranieri, ma lo spazio in un laboratorio non era un problema, a Groningen o ad Haarlem". 'Forse possiamo contattare i colleghi per contributi regolari' suggerì Coster. Fokker Fissò una cifra di 20.000 franchi, sufficienti per supportare la Meitner per cinque anni ed iniziò immediatamente a contattare i colleghi per consigli e donazioni. Non riuscirono a ottenere finanziamenti, ma Fokker riuscì a ottenere il permesso ufficiale per la Meitner di andarsene, anche se non poté telegrafarle questo per via della segretezza. Fuggì a malapena in tempo per sfuggire all'arresto.[3]
L'anno 1942 di conseguenza segnò una svolta nella sua vita; dopo di allora scrisse molti pezzi in 31-uguali, che sono importanti per l'uso della settima armonica come intervallo di consonanti (31-uguali ha un'approssimazione molto migliore della 7ª armonica sell'onnipresente 12-uguale). Apportò anche contributi notevoli alla teoria musicale, come il blocco di periodicità di Fokker.
Morì il 24 settembre 1972, all'età di 85 anni, a Beekbergen vicino ad Apeldoorn.
Strumenti musicali
Rappresentazione schematica della tastiera microtonale di Fokker per un organo a canne 31EDO (organo Fokker) con due tastiere e pedale, costruito da lui.
Fokker progettò e costruì una serie di strumenti a tastiera in grado di riprodurre scale microtonali tramite una tastiera generica. Il più noto di questi è il suo organo a 31 toni temperato in modo equabile, che fu installato nel Teylers Museum ad Haarlem nel 1951. È comunemente chiamato l'organo Fokker. L'organo Fokker è attualmente di proprietà della Fondazione Huygens-Fokker ed è stato trasferito nella Sala BAM nel Muziekgebouw aan 't IJ. Si tengono regolarmente concerti su questo strumento nella Sala BAM.
