La fase finale della AFC Champions League 2013 si svolge dal 14 maggio al 9 novembre. 16 squadre (8 dall'Asia occidentale e 8 da quella orientale) competono in questa fase[1].
Le vincenti dei gruppi giocano in casa la seconda partita.
I sorteggi per quarti di finale, semifinali e finale saranno effettuati dopo la conclusione degli ottavi di finale. Team di zone differenti non si affronteranno, e verrà rispettata la regola della "protezione nazionale" verrà rispettata: se ci saranno solo due team della stessa nazione, non si potranno scontrare nei quarti di finale.