Möðruvallaklaustur var munkaklaustur af Ágústínusarreglu sem stofnað var á Möðruvöllum í Hörgárdal, líklega 1295 en hugsanlega þó 1296, og var þar til siðaskipta.
Jörundur Þorsteinsson Hólabiskup kom klaustrinu á fót eins og Reynistaðarklaustri um svipað leyti og skyldi Hólabiskup vera ábóti þess en príor stjórna klausturlifnaði og ráðsmaður annast fjármál. Biskup lagði klaustrinu til mikið fé og lét byggja þar kirkju um 1302. Hún brann árið 1316 og klaustrið einnig, allur kirkjuskrúði og kirkjuklukkur. Ekki var klaustrið byggt upp að sinni, heldur lét Auðunn rauði Hólabiskup munkana verða presta í ýmsum sóknum eða tók þá heim til Hóla, en allar tekjur af klaustrinu gengu til Hólastaðar. Einn munkanna, Ingimundur Skútuson, fór til Noregs og gekk í klaustrið á Helgisetri.
Þegar Lárentíus Kálfsson var í Noregi 1323 að taka biskupsvígslu kom Ingimundur munkur fram og kærði það fyrir erkibiskupi að klaustrið hefði ekki verið byggt upp eftir brunann og munkunum verið tvístrað en biskup hirti tekjurnar. Lárentíus svaraði því til að Auðunn biskup hefði ekki talið sé skylt að byggja upp klaustrið að nýju þar sem það hefði brunnið þegar munkar komu drukknir heim úr kaupstað á Gásum og fóru óvarlega með ljós. Erkibiskup úrskurðaði að klaustrið skyldi byggjast upp að nýju en þeir munkar sem yrðu sannir að því að hafa valdið brennunni skyldu reknir í „harðasta klaustur“.
Erkibiskup sendi svo Ingimund Skútuson til Íslands með bréf um Möðruvallamál og voru þeir Jón Halldórsson Skálholtsbiskup og Þorlákur Loftsson ábóti í Þykkvabæ skipaðir dómsmenn í málinu. Bauð þá biskup að láta gera klaustrið upp eins fljótt og vel og hægt væri og yrði hann sjálfur ábóti en príor yrði yfir staðnums eins og fyrr og varð það úr. Þessi sátt rofnaði þó veturinn eftir og fór bróðir Ingimundur suður í Skálholt og kærði Lárentíus biskup fyrir Jóni biskupi. Urðu harðar deilur með þeim biskupum. Jón biskup fékk því framgengt að príor skyldi hafa öll fjárráð klaustursins. Lárentíus biskup sætti sig þó ekki við það og sendu báðir biskuparnir fulltrúa sína á fund erkibiskups. Möðruvallabræður þóttu ekki sýna mikla forsjálni í fjárgeymslu klaustursins en söfnuðu að sér liði bænda og þegar Lárentíus biskup kom í eftirlitsferð um vorið var þar fyrir vopnað lið. Tveimur dögum seinna kom biskup þó aftur, tók lykla af munkunum og skipaði ráðsmann yfir klaustrið. Hann hafði Þorgeir príor á brott með sér en skipaði Steindór Sokkason príor. Um vorið kom sendimaður hans með úrskurð erkibiskups, þar sem kom fram að biskup skyldi hafa æðstu forráð klaustursins, og var allt með kyrrum kjörum meðan Lárentíus lifði. Áfram voru Möðruvallabræður þó ódælir og árið 1343 lét Ormur Ásláksson biskup setja þrjá munka í járn fyrir einhverjar sakir. Hann vildi líka færa klaustrið til Hóla en fékk því ekki framgengt.
Eftir að Jón Finnbogason príor dó 1546 var enginn príor á Möðruvöllum en Jón Arason setti séra Björn Gíslason til að stýra klaustrinu. Stóð það til siðaskipta en eftir það, þegar klausturjarðirnar 67 komust í eigu konungs, tók Björn þær á leigu.
Þótt ekkert sé vitað um ritun bóka í Möðruvallaklaustri átti klaustrið bókasafn og í bókaskrá frá 1461 eru taldar 86 bækur, margrar helgra manna sögur á íslensku, fornsögur og margar konungasögur. Sama ár átti klaustrið heima á staðnum og á útibúinu Öxnhóli 70 kúgildi, 40 uxa þrevetra og eldri, 10 naut veturgömul og tvævetur, hálfan áttunda tug af veturgömlu fé en sauðfé var alls 195 og hestar 41.