Þrjú flugfélög hafa notað nafnið Flugfélag Íslands. Það fyrsta var stofnað árið 1919 en starfaði aðeins í eitt ár. Nýtt flugfélag, Flugfélag Akureyrar, var síðan stofnað árið 1937 sem síðar breytti nafni sínu í Flugfélag Íslands. Árið 1973 sameinuðust Flugfélag Íslands og Loftleiðir í Flugleiðir. Árið 1997 var Flugfélag Íslands stofnað eftir sameiningu innanlandsdeildar Flugleiða og Flugfélags Norðurlands. Nafni félagsins var breytt í Air Iceland Connect árið 2017.
16. mars 2021 rann Air Iceland Connect saman við Icelandair og félögin rekin undir sama hatti síðan.