Pada tahun 2009 stasiun ini melayani kereta api Bumi Geulis tujuan Bogor dan Sukabumi,[3] tetapi layanan ini dihentikan pada akhir Desember 2012 karena rangkaian kereta api yang digunakan sudah uzur.[4] Setelah vakum beberapa bulan, PT KAI akhirnya mengoperasikan kembali stasiun ini dengan dijalankannya KA Pangrango.[5]
Bangunan dan tata letak
Stasiun Batutulis memiliki dua jalur kereta api. Pada awalnya, jalur 2 merupakan sepur lurus, tetapi karena jarang sekali terjadi persilangan dan penyusulan antarkereta api, maka jalur 1 dibongkar sehingga pada saat itu tinggal tersisa jalur 2 saja. Setelah jalur kereta api lintas Bogor-Sukabumi diaktifkan kembali pada awal April 2022, meski pembangunan jalur ganda pada segmen Bogor Paledang-Cicurug belum sepenuhnya selesai, jalur 1 stasiun ini dibangun ulang.
Ketika proyek jalur ganda tersebut sedang berlangsung, di stasiun ini dirombak besar-besaran. Mengingat lokasi bangunan yang berimpitan dengan jalan raya, bangunan stasiun ini pernah diusulkan untuk digeser, tetapi ditentang oleh Wali Kota Bogor saat itu, Bima Arya, karena merupakan bangunan bersejarah. Sebagai konsekuensi, stasiun ini diputuskan tetap menggunakan bangunan lama dan akan memilki dua jalur kereta api.[6] Sebagai pengganti, Pemerintah Kota Bogor meminta Kemenhub untuk membuatkan sebuah perlintasan tidak sebidang bila jalur gandanya selesai. Hal ini bertujuan untuk menggantikan perlintasan sebidang yang menjadi titik rawan terjadinya kemacetan lalu lintas.[7] Perlintasan tidak sebidang akhirnya direalisasikan dalam wujud underpass dan rampung dikerjakan sehingga bisa dilalui kendaraan sejak 24 Oktober 2024.[8] Bersamaan dengan itu, perlintasan sebidang yang terletak persis di samping stasiun ini akhirnya ditutup total.
Tepat di sisi selatan bangunan lama stasiun, sedang ditambahkan fasilitas skybridge agar nantinya penumpang kereta api yang ingin berpindah peron tidak harus melalui jalur rel.
Layanan kereta api
Berikut ini adalah layanan kereta api yang berhenti di stasiun ini sesuai Gapeka 2023.[9]
_Staatsspoorwegen_op_Java_(serietitel),_NG-1988-26-44.jpg)
