RER E dibuka pada tanggal 12 Juli 1999 dengan rute Haussmann – St-Lazare dan Chelles-Gournay. Konstruksi jalur ini terdiri dari 2 terowongan yang menghubungkan stasiun Haussmann - St-Lazare dan Magenta (yang melayani rute Gare de l'Est dan Gare du Nord).
Jalur ini pertama kali diperpanjang dengan rute baru dari Noisy le Sec ke Villiers-sur-Marne pada tanggal 30 Agustus 1999. Kemudian diperpanjang lagi untuk rute Tournan pada tanggal 14 Desember 2003.
Perpanjangan
RER E direncanakan untuk diperpanjang dari Haussmann - St-Lazare ke La Défense, lalu dari sana ia akan mengambil alih cabang dari RER A ke Nanterre, Sartrouville dan Poissy. Selanjutnya RER E akan digunakan untuk pengoperasian kereta SNFC menuju Mantes-la-Jolie. Proyek perpanjangan ini akan dilaksanakan antara tahun 2012 sampai 2018.[1]
Seperti semua jalur RER lainnya, masing-masing kereta api dinamai sesuai dengan rutenya. Huruf pertama menunjukkan tujuan, huruf kedua menunjukkan apakah kereta akan berhenti di setiap stasiun atau tidak.