Babak gugur Liga Champions AFC 2009 adalah babak ketiga dari Liga Champions AFC 2009 yang berlangsung sejak 26 Mei hingga 7 November 2009.[1] 16 tim berhak mengikuti babak ini setelah melaju dari babak grup untuk menentukan pemenang turnamen.
Babak ini menggunakan sistem gugur yang dimainkan dalam satu atau dua pertandingan. Pada babak 16 besar, hanya satu pertandingan yang dimainkan dan diselenggarakan oleh setiap juara grup melawan juara kedua dari grup lainnya. Dalam babak perempat final dan semifinal, pertandingan dimainkan dua kali dengan sistem kandang-tandang. Pertandingan final diselenggarakan oleh salah seorang finalis yang ditentukan melalui pengundian. Peraturan gol tandang (untuk pertandingan kandang-tandang, tidak berlaku saat perpanjangan waktu), perpanjangan waktu, dan adu penalti digunakan jika diperlukan untuk menentukan pemenang.
Juara pertama dan juara kedua dari masing-masing delapan grup dalam babak grup melaju ke babak ini. Baik Zona Barat maupun Zona Timur memiliki delapan tim yang melaju.
Pengundian untuk babak 16 besar memastikan bahwa tim dari Zona Barat dan Zona Timur tidak saling berhadapan. Namun demikian, sejak babak perempat final yang pengundiannya dilaksanakan secara terpisah, pembatasan tersebut tidak lagi terjadi.
Pengundian babak 16 besar dilaksanakan pada 7 Januari 2009 bersamaan dengan pengundian babak grup.
Al-Hilal v Umm-Salal
Persepolis v Bunyodkor
Al-Ittihad v Al-Shabab
Al-Ettifaq v Pakhtakor
Nagoya Grampus v Suwon Bluewings
Gamba Osaka v Kawasaki Frontale
Kashima Antlers v FC Seoul
Pohang Steelers v Newcastle United Jets
Pengundian babak perempat final dan babak selanjutnya dilaksanakan pada 29 Juni 2009 di Kuala Lumpur, Malaysia.
Kawasaki Frontale v Nagoya Grampus
Nagoya Grampus v Kawasaki Frontale
Nagoya Grampus menang aggregat 4–3.
Bunyodkor v Pohang Steelers
Pohang Steelers v Bunyodkor
Pohang Steelers menang aggregat 5–4.
Umm-Salal v FC Seoul
FC Seoul v Umm-Salal
Umm-Salal menang aggregat 4–3.
Pakhtakor v Al-Ittihad
Al-Ittihad v Pakhtakor
Al-Ittihad menang aggregat 5–1.
Pohang Steelers v Umm-Salal
Umm-Salal v Pohang Steelers
Pohang Steelers menang aggregat 4–1.
Al-Ittihad v Nagoya Grampus
Nagoya Grampus v Al-Ittihad
Al-Ittihad menang aggregat 8–3.
Al-Ittihad v Pohang Steelers